มูลนิธิช่วยนักเรียนที่ขาดแคลน ในพระบรมราชินูปถัมภ์ มีกำเนิดเนื่องมาจากข้อเสนอแนะของที่ประชุมสัมมนาว่าด้วยจริยศึกษา ซึ่งกระทรวงศึกษาธิการ ได้จัดขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๐๔ หลังจากนั้นบุคลากรที่เข้าร่วมสัมมนาและบรรดาผู้ที่เสนอแนะได้ร่วมกันจัดตั้ง “มูลนิธิช่วยนักเรียนที่ขาดแคลน” ขึ้น โดยเงินทุนซึ่งมีผู้มีจิตศรัทธาบริจาคในเดือนสิงหาคม ๒๕๐๔ และเมื่อความทราบถึงพระกรรณสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ก็ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเงินซึ่งมีผู้จงรักภักดีต่อเบื้องพระยุคลบาท ทูลเกล้าฯ ถวายโดยเสด็จพระราชกุศลเนื่องในโอกาสวันเฉลิมพระชนมพรรษาพุทธศักราช ๒๕๐๔ เป็นทุนดำเนินการตามวัตถุประสงค์ของมูลนิธิฯ ทั้งได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ รับมูลนิธิช่วยนักเรียนที่ขาดแคลนไว้ในพระบรมราชินูปถัมภ์ เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๐๔ ด้วย

และในวโรกาสวันเฉลิมพระชนมพรรษาสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ องค์อุปถัมภิกาของมูลนิธิฯ ก็ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเงินสมทบทุนมูลนิธิฯ ตลอดมาและยังทรงพระกรุณาพระราชทานพระราชดำริเกี่ยวกับการช่วยเหลือนักเรียนที่ขาดแคลนแก่มูลนิธิฯ หลายประการ ซึ่งคณะกรรมการบริหารมูลนิธิฯ ได้น้อมเกล้าฯ รับไว้เป็นหลักในการบริหารงานของมูลนิธิฯ ด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นเกล้าล้นกระหม่อม