ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๐๖ เป็นต้นมา  ได้มีบริษัทองค์การเอกชนและบุคคลทั่วไปมีจิตศรัทธาบริจาคเงินเพื่อเป็นทุนการศึกษาเป็นจำนวนมาก  ซึ่งทุนที่มูลนิธิฯ ได้รับบริจาคส่วนใหญ่นี้เป็นทุนการศึกษาระดับอุดมศึกษา  นักศึกษาที่รับทุนม.น.ข.มีหลากหลายสาขาทุกมหาวิทยาลัยทั้งในกรุงเทพฯและต่างจังหวัด  เป็นทุนต่อเนื่อง  ไม่มีข้อผูกมัด และต้องศึกษาในมหาวิทยาลัยปิดภายในพระราชอาณาจักรประเทศไทยเท่านั้น  มีทั้งบริจาคเป็นรายปี  บริจาคเป็นเงินก้อนให้เก็บเฉพาะดอกผลเป็นทุนการศึกษา  แต่ก็มีบางทุนเริ่มให้ทุนตั้งแต่ระดับมัธยมศึกษา ทุนนี้มีชื่อเรียกว่า ทุน ม.น.ข. และตั้งชื่อทุนตามที่ผู้บริจาคต้องการ  มีคณะกรรมการบริหารทุนม.น.ข. รับผิดชอบบริหารทุนการศึกษาระดับอุดมศึกษาทั้งหมด  รวมทั้งทุนนวฤกษ์ระดับอุดมศึกษาด้วย

เมื่อเริ่มมอบทุนการศึกษา มูลค่าทุนเริ่มด้วย ๒,๕๐๐ บาท ๓,๐๐๐ บาท  ที่คณะกรรมการได้กำหนดไว้  แต่ก็มีท่านผู้บริจาคบางท่านได้กรุณาปรับมูลค่าทุนโดยเฉพาะทุนสำหรับนักเรียนแพทย์เป็น ๕,๐๐๐ บาท และ ๖,๐๐๐ บาท  และเมื่อภาวะเศรษฐกิจเปลี่ยนแปลง  มูลค่าทุนจึงมีการปรับปรุงอยู่ตลอดเวลา และตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๔ มูลค่าทุนของทุนการศึกษาม.น.ข.มีดังนี้
     - ระดับมัธยมศึกษาและอาชีวศึกษา (ปี ๑-๓) ปีละ ๔,๐๐๐ บาท
     - ระดับอุดมศึกษาคณะทั่วๆไป และ ระดับ ปวส. ๑-๒ ปีละ ๖,๐๐๐ บาท
     - คณะวิศวกรรมศาสตร์  ปีละ ๗,๐๐๐ บาท
     - สาขาแพทยศาสตร์    ปีละ ๘,๐๐๐ บาท

องค์อุปถัมภิกา ได้พระราชทานเงินจำนวน ๗๑,๐๐๐ บาท ซึ่งเป็นเงินที่ได้จากการจำหน่ายหนังสือที่จัดพิมพ์ขึ้นในโอกาสเฉลิมพระชนมพรรษาครบ ๓ รอบของพระองค์ท่าน  เมื่อปี ๒๕๑๒  ให้เก็บเฉพาะดอกผลพระราชทานให้แก่นักศึกษาหญิงที่กำลังศึกษาอยู่ในสองปีสุดท้าย เพื่อให้ศึกษาได้จนจบหลักสูตร  และมีผู้ทูลเกล้าฯ ถวายงานสมทบทุนมาอย่างต่อเนื่อง ซึ่งทุนนี้ตั้งชื่อทุนว่า ทุนสมเด็จ   ตั้งแต่เริ่มให้ทุนม.น.ข. มาจนถึงพ.ศ. ๒๕๕๔ มีทุนม.น.ข. ที่ตั้งชื่อตามผู้บริจาคอยู่ ๑๓๕ ทุน และมีผู้สำเร็จการศึกษาไปแล้วกว่า ๙,๐๐๐ คน